Doch Beobachtungen alleine reichen nicht, sie müssen auch kompetent bewertet werden. Dies ist ebenfalls eine der Kernaufgaben des Instituts, das damit stets über den aktuellen ökologischen Zustand des Sees informiert ist. Dies ist unerlässlich, damit das Seenforschungsinstitut eine weitere wichtige Aufgabe erfüllen kann: Prognosen über die künftige Entwicklung zu erstellen und Entscheidungsträger in Politik und Behörden sowie die Öffentlichkeit zu beraten, welche Gewässerschutzmaßnahmen erforderlich sind, um den See bestmöglich zu schützen.

Gegründet wurde das Seenforschungsinstitut in Langenargen bereits 1920, und zwar vom damaligen Verein für Seenforschung und Seenbewirtschaftung. Heute gehört das ISF zur baden-württembergischen Landesanstalt für Umwelt, Messungen und Naturschutz. Damit ist es nicht nur für den Bodensee und seine baden-württembergischen Zuflüsse, sondern auch für mehr als 4000 Seen im Land zuständig.